Perpecahan internal yang terjadi di
sudan ada beberapa : pertama di darfur sejak 2003 dimana pokok permasalahnya
terletak pada meningkatnya gerakan-gerakan yang menentang pemerintahan pusat
Omar Al-Bashir.
Pembersihan etnis terjadi menghasilkan
ratusan ribu warga meninggal,serta jutaa mengungsi ke negara tetangga.Kedua
adalah kasus antara Sudan selatan serta Sudan utara.Latar belakang konflik ini
sebab adanya ketidak adilan dalam pemerintah pusat.